学校积极发展研究生教育。2016年成立了研究生院，是最早经教育厅批准与贵州师范大学联合培养硕士研究生的市州高校，累计培养100余人，与重庆大学、中南民族大学等其他高校联合培养硕士研究生累计100余人。经国务院学位委员会审核批准，学校成为2020年审核增列的硕士学位授予单位，马克思主义理论一级学科和材料与化工硕士、农业硕士增列为硕士学位授权点。 2022年11月正式开启研究生招生初试工作，2023年4月完成研究生复试工作，目前已完成铜仁学院第一届研究生招录工作，共录取60名研究生。2024年，我校完成第二届研究生录取工作，共录取80名研究生。同年国务院学位委员会下达2023年度审核增列的博士、硕士学位授权点名单的通知，我校新增林业、旅游管理、体育三个硕士点，并于2025年完成新增硕士点的研究生招生工作。